地球上的生态系统类型复杂多样，其分类方式也是多种多样。按生态系统形成的发生原动力和干扰状态，可分为自然生态系统、半自然生态系统和人工生态系统三类。凡是未受人类干预，依靠生物和环境本身的自我调节能力维持相对稳定的生态系统类型均属自然生态系统，如原始森林等；按人类的需求建立、并受人类强烈干预的生态系统为人工生态系统，如城市、农田等；虽受过人为干预，但仍保持了一定自然状态的生态系统为半自然生态系统，如天然放牧的草原、人类经营和管理的天然林等。

根据生态系统的环境性质和形态特征来划分，生态系统可分为水生态系统和陆地生态系统。前者又分为淡水水生生态系统和海洋生态系统；后者又分为森林生态系统、草地生态系统、荒漠生态系统、冻原生态系统、农田生态系统、城市生态系统等。陆地生态系统的划分主要根据其组成要素、植被等特点，水域生态系统则主要根据物理和地理状况进一步划分。